Przedmiotem działania Instytutu jest prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych zmierzających do nowych rozwiązań technicznych i organizacyjnych w zakresie ochrony zdrowia zwierząt i profilaktyki chorób odzwierzęcych, higieny i toksykologii żywności pochodzenia zwierzęcego i środków żywienia zwierząt oraz ochrony środowiska, w tym opracowywanie i wdrażanie, w skali laboratoryjnej, technologii produkcji biopreparatów i zestawów diagnostycznych, a także wykonywanie innych zadań szczególnie ważnych do osiągnięcia celów polityki społeczno-gospodarczej państwa w tej dziedzinie.

Do zadań Instytutu należy:

• realizacja zadań ustalonych dla Instytutu przez Radę Ministrów w programie wieloletnim,
• prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w zakresie ochrony zdrowia i profilaktyki chorób odzwierzęcych, higieny i toksykologii żywności pochodzenia zwierzęcego i środków żywienia zwierząt oraz ochrony środowiska, w tym opracowywanie, w skali laboratoryjnej, technologii produkcji biopreparatów i zestawów diagnostycznych, a także wdrażanie wyników badań do praktyki w celu:
  • doskonalenia metod diagnostyki chorób niezakaźnych, w szczególności bydła i owiec,
  • opracowywania metod diagnostyki szkodliwych czynników biologicznych oraz chemicznych dla zapewnienia właściwej higieny żywności pochodzenia zwierzęcego i środków żywienia zwierząt,
  • rozwoju metod badań i diagnostyki stosowanych w toksykologii i farmakologii weterynaryjnej,
  • nadzoru nad czynnikami biologicznymi i chemicznymi występującymi w patologii rozrodu i chorób gruczołu mlekowego,
  • opracowywania zagadnień z zakresu patofizjologii zwierząt;
• upowszechnianie wyników badań realizowanych na podstawie programu wieloletniego oraz badań, o których mowa w pkt 2, w formie wydawnictw książkowych, publikacji, konferencji i seminariów naukowych oraz współdziałanie w zastosowaniu tych badań w praktyce;
• podejmowanie działań w zakresie doskonalenia metod prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych;
• wykonywanie specjalistycznych badań diagnostycznych, badań monitoringowych i analitycznych;
• dokształcanie podyplomowe w dziedzinach objętych działalnością Instytutu oraz prowadzenie szkolenia specjalizacyjnego lekarzy weterynarii;
• opracowywanie i opiniowanie standardów w zakresie ochrony zdrowia zwierząt i zdrowia publicznego;
• wydawanie opinii co do celowości wykonywania badań laboratoryjnych;
• sprawowanie opieki merytorycznej nad zakładami higieny weterynaryjnej;
• doradztwo naukowe dla administracji weterynaryjnej, w prowadzeniu hodowli i przy produkcji zwierzęcej oraz dla lekarzy weterynarii;
• kontrola urzędowa i ocena przedrejestracyjna biologicznych preparatów weterynaryjnych;
• udzielanie informacji naukowej, technicznej i ekonomicznej;
• opracowywanie analiz, ocen i ekspertyz, w tym dotyczących stanu rozwoju nauki i techniki w zakresie badań weterynaryjnych, a także propozycji wykorzystania w kraju osiągnięć światowych w tej dziedzinie;
• wykonywanie innych zadań zlecanych przez organ nadzorujący.

Ponadto Instytut prowadzi studia doktoranckie oraz jest krajowym ośrodkiem referencyjnym w zakresie sytuacji epidemiologicznej i monitorowania pozostałości ksenobiotyków w żywności pochodzenia zwierzęcego.